Órgano del que se desconoce su origen y primitivo emplazamiento, así como datos documentales sobre su construcción. Sin embargo, de manera oral se ha hablado de un órgano traído de fuera, tal vez a finales del siglo XIX o comienzos del XX.
Además, en el monasterio de las Huelgas existe un órgano de similares características situado en el coro de las monjas, y que posiblemente ha sido construido por el mismo organero que el de San Juan el Real.
Instrumento de estilo barroco (como así se aprecia en su caja en la que se lee una inscripción con la fecha de 1753) y con unas medidas aproximadas de 9 x 5,82 x 0,95 metros. No obstante, aunque pertenezca al grupo de los denominados órganos barrocos, éste sufrió numerosas transformaciones, como la acaecida en el año 1900, que hizo desvirtuar notablemente su espíritu original.
Realizado en madera conífera, pino, tanto en la estructura como en los tablerajes, tallas y molduras. El cuerpo horizontal del que consta este instrumento, está compuesto por un entablamento en la parte superior hecho a base de molduras, soportado por ocho montantes a manera de pilares que dividen este primer piso en siete espacios diferentes.
En la parte superior, tres torres coronan esta estructura, con tres imágenes de talla de arcángeles músicos, mientras que las torres más pequeñas lo son por dos imágenes de talla de ángeles músicos (las más exteriores) y las otras, son coronadas por dos piezas de talla en forma de jarrones.
Los cuerpos laterales, están divididos en dos pisos. El superior, tiene un montante vertical al nivel de la pared, del cual salen unos travesaños que acaban en los montantes de los extremos; el inferior, aparece un arquitrabe soportado por dos verticales a manera de pilares.
Presenta una decoración en oro fino sobre estuco a la manera tradicional tanto en adornos como en molduras. Los fondos, imitan mármoles realizados también sobre estuco al temple con pigmentos naturales y barnizado final. En el cuerpo bajo, a la altura de la trompetería, aparecen cuatro querubines alados policromados con tonos naturales. Sin embargo, en los remates superiores del mueble, las esculturas en número de cinco, presentan decoración monócroma, así como los dos pebeteros o jarrones existentes.
La disposición del órgano es la siguiente: En el Órgano Mayor: Flautado Mayor; Flautado; Flauta Chimenea; Corno; Octava; Tapadillo; Docena; Quincena; 15ª Cónica; Nazardo 17ª; Lleno; Trompeta Real; Trompeta Batalla; y BajoncilloTrompeta Magna.
En el pedal: Contras; Flautado; Tenor; Bombarda; y 31 posibilidades de Registro.
En la Cadereta interior: Flauta Chimenea; Corno; Octava; Tapadillo; Docena; Quincena; 15ª Cónica; Nazardo 17ª; Trompeta Real; Trompeta Batalla; Bajoncillo Trompeta Magna; Címbala; y Cromorno.
Como hemos apuntado con anterioridad, el órgano sufrió una importante transformación en el año 1900 en la cual se sustituyeron los secretos de registros partidos por secretos diatónicos de registros enteros; se añadió un plafón desmontable en el frontal sobre el teclado para acceder a las tapas de las arcas de viento; y se añadieron otros secretos carentes de cañutería en la parte inferior del instrumento.