Historia
Construcción original. Siglo XVII
- Barroco
La primera piedra fue colocada en 1663 por el arzobispo de Zaragoza D. Francisco Gamboa.
Siglo XVII, 1685-01-01
En 1685 Claudio Coello, pintor de la Corte de Carlos II, terminaba sus frescos que cubrían casi toda la superficie de los muros.
Consagración ceremonia. Siglo XVII
La iglesia fue consagrada en 1686.
Daños parciales. Siglo XIX
La iglesia sufrió diversos desperfectos durante la Guerra de la Independencia y la Desamortización. Fue usada como cárcel de mujeres, almacén...
Cambio de propiedad. Siglo XIX
Desde 1883 la iglesia pertenece al Colegio de las Madres Escolapias.
Declaración. Siglo XX - XXI
El inmueble fue declarado Monumento Nacional por Decreto del Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes de 4 de enero de 1946, publicado en el Boletín Oficial del Estado de 17 de enero de 1946, con el nombre de Iglesia de Santo Tomás de Villanueva del antiguo Convento de los Agustinos de la Mantería.
El Boletín Oficial de Aragón de 18 de enero de 2002 publica la Orden de 20 de diciembre de 2001, del Departamento de Cultura y Turismo, por la que se completa la declaración originaria de Bien de Interés Cultural de la denominada Iglesia de San José de Calasanz (antiguamente Iglesia de Santo Tomás de Villanueva, del Convento de los Agustinos o de la Mantería) en Zaragoza.
El Boletín Oficial de Aragón de 18 de enero de 2002 publica la Orden de 20 de diciembre de 2001, del Departamento de Cultura y Turismo, por la que se completa la declaración originaria de Bien de Interés Cultural de la denominada Iglesia de San José de Calasanz (antiguamente Iglesia de Santo Tomás de Villanueva, del Convento de los Agustinos o de la Mantería) en Zaragoza.
Restauración. Siglo XX
En los años 50 se llevó a cabo una restauración considerada hoy como muy desafortunada, ya que se usó la técnica original de la pintura al temple para realizar los repintes. Esto dificulta la separación de las películas de pintura.
Daños parciales. Siglo XXI
En 2001 parte de una de las cúpulas con pinturas de Claudio Coello se desplomó. Se recogieron 14.000 fragmentos con el fin de que estas pinturas murales puedan ser restauradas.
Restauración. Siglo XXI, 2002-05-12 - 2010-05-12
En 2002 se actuó con carácter de urgencia en la restauración de esta cúpula y desde entonces, se han realizado diversas obras de restauración y consolidación de las cubiertas de la iglesia así como se ha llevado a cabo la corrección de humedades. El proceso de restauración arquitectónica finalizó en 2010.