Ex-colegiata de Santa María

Esta ex colegiata conserva aún marcas de canteros del primitivo templo románico. Se construyó bajo la tipología de Iglesia fortaleza del mudéjar aragonés. Esta construcción original contaba con un andador abierto por vanos con arcos apuntados. En el siglo XVI se amplia tras su nueva situación como colegiata, por Antón de Veoxa, arquitecto morisco. Sufrió diferentes etapas de construcción.

Posee una gran nave central mudéjar reformada en estilo barroco y neoclásico y un claustro medieval con arquerías de ladrillo, uno de los pocos que se han conservado en Aragón. El claustro, actualmente cegado era de planta cuadrada, divida en tres crujías de  siete tramos cubiertas con bóveda de crucería y una cuarta crujía desvirtuada por la apertura en los siglos XVI y XVII de varias capillas.

Actualmente es una iglesia de nave única de cinco tramos cubierta con bóveda de cañón con lunetos, grandes capillas laterales abiertas entre sus contrafuertes, coro bajo en los pies y cabecera poligonal con varias dependencias anejas, entre las que sobresale la sacristía, además de una cripta subterránea.

La cabecera se cierra con bóveda de cañón con lunetos sobre arcos fajones, que apean en una cornisa, los cuales se prolongan en los muros mediante pilastras acanaladas. La nave central se rodea de ocho capillas dedicadas a San Antonio Abad, el Sagrado Corazón, Nuestra Señora de la Peana, al Rosario, a Ntra. Sra. De los Dolores, al Santo Cristo y a los Santos Ramón y San Roque.

La decoración interior es del siglo XIX y sigue el concepto clasicista francés influencia del Pilar de Zaragoza.  Sustituye a la perdida tras un incendio en el siglo XVIII.

En su interior alberga obras artísticas de cierta importancia como las pinturas góticas sobre tabla naturalista de la Sacristía Mayor dedicadas a la Virgen. En la Capilla de Nuestra Señora de la Peana se conserva un óleo del siglo XIX que representa los esponsales de María y José y una talla de 1582 en madera policromada que representa a la Virgen de la Peana, patrona de Borja. En la Capilla del Rosario se conserva una escultura  de madera policromada  que representa la lamentación ante cristo muerto, atribuida al importante escultor italiano del siglo XVI Juan de Moreto.

En el exterior presenta dos torres. La Torre del reloj es románica en su cuerpo inferior y mudéjar en los siguientes. Se remata con un cuerpo de campanas añadido en el siglo XVIII.

En el siglo XIX se reforma cambiando su estilo en el interior y el exterior. En esta intervención se modificaron además el pórtico y las dos torres.